一．真的叛徒
自從三年前佐助去咗音忍村。三年來，大蛇丸教佐助用寫輪眼、召換術、軟改造和武器之術等……練到爐火純青，出神入化。後來，兜和佐助在大蛇丸的密室，發現原來大蛇丸身上藏有『八尾』(八娛大蛇)，突然，兜翌日就不辭而別，殺死五位音忍侍衞。同時，綱手發現第三代留下的禁之卷軸，原來兜是木之葉村的特別上忍，因為兜的優秀的能力，所以第三代的寵愛，同時，大蛇丸成了通緝犯，第三代十分憂心，兜考慮了一天，第二天，兜就自動請纓去做大蛇丸的臥底，兜就定期向火影報告，所以兜用潛行術向鋼手報告……
二．曉vs木之葉小隊7
鋼手怕夜長夢多，想刪除整個『曉』，所以召了砂忍三人眾、鹿丸、井野、凱、小李、寧次、鳴人、小櫻、卡卡西、牙&赤丸、佐井。他們經過千辛萬苦入到『曉』基地，不過『曉』基地只得八人：南(南斗)、白(白虎)、零(零破)、亥(玄武)、青(青龍)、北(北斗)、玉(玉女) 、空(空陳)。凱首先使出一招『以身試險』，誰知，突然出了一位『空』，又名﹙巨人﹚，一開始，凱己經用上第三門『生門』，可想然之，對手是多麼利害……
三．鼬太知vs佐助
當木之葉小隊到達『曉』基地，而大蛇丸吩呼佐助：『鼬太知的萬華鏡寫輪眼和你的咒印大蛇寫輪眼簡直無與倫比！你要與鼬太知决一死戰……』 兜趕快向大蛇丸說：『大蛇丸大人，鼬…鼬單人闖音村呀！』大蛇丸眼前見一絛人影飛過–正是佐助也……因為佐助報仇心切，連忙鼬太知決一死戰，鼬太知己開動了萬華鏡寫輪眼，證明佐助多麼利害……
四．同歸於盡
凱和『空』作戰，凱用體術最高境界『祭術–九門–地獄門破』﹝所為「祭術」必然是將身體獻祭之術﹞因為只有卡卡西才懂什麼是「祭術」，所以立刻喝止，不過「祭術」是一發不可收拾的，所以凱和『空』同歸於盡……小李看到凱死了，用盡八門就衝向『南』，結果『南』阻擋不到小李的殺傷力，死
咗
五．朋友的友誼
小櫻和井野衝上基地第二層，見到一個女子–正是『玉』……講噃佐助vs鼬太知，佐助擊敗鼬太知，不過鼬太知只是暈倒了……『玉』是擅長毒，正所為一山還有一山高，今次到小櫻中了毒，世上只有兩種辨法解毒：第一種，找三毒〔綱手、千代、玉女〕解毒；第二種：是用最好的朋友的血，飲完一杯血，就無事了。於是井野立刻割損手臂，餵給小櫻渴，小櫻立刻用新秘技『毒穴渾身』，『玉』玩火自焚，死亡
六．佐井死亡
鹿丸、手鞠、堪九郎跑上去第三層﹔佐井、寧次和牙&赤丸攻上第四層。鹿丸、手鞠、堪九郎遇到兩名強敵：『北』和『亥』……而佐井、寧次和牙&赤丸遇上『白』，牙&赤丸用新的秘技『牙鑽牙』，不過『白』用『瞬身術』避過咗，佐井用『超獸真爪』，以為『白』死咗，點知『白』死唔去，還用『雷遁．雷斬電砍』，佐井避唔過，死亡。因為『白』失去了太多卓羅，因此寧次向『白』前用『八門崩擊』，牙&赤丸向『白』的後面用『牙斬牙』……鹿丸、手鞠、堪九郎佢哋勝卷在握，因為堪九郎有砂之國五大傀儡(天堂、地獄、五行、凱撤、判官)一手用『黑秘術』，另一手用『白秘技』，己經殺死了『亥』。而手鞠和鹿丸兩人夾攻，鹿丸用『影法．影之革命』綑住『北』，手鞠用新�H必殺技『三星連環斬』，即時死咗
七．鳴人之父
卡卡西和鳴人到了最高的一層，遇上『曉』中最勁的強敵----『零』，不過『零』正是第四代火影，卡卡西和鳴人也很驚訝，兩人迫不得已要出手，鳴人用上了新的絕招『九尾螺旋丸』，卡卡西用『毁滅寫輪眼』追綜第四代，第四代不想傷害鳴人，只是專注於他的徒弟----卡卡西，卡卡西用『土遁．追牙之術』綑住第四代火影，迫第四代火影說出為什麽會在『曉』裏，原因是：『他老婆在「九尾」一戰中死亡，他便發狂地將『九尾』(九尾妖狐)封印在他的兒子(鳴人)裏，但他遺棄兒子，遠走高飛，自己秘密建立了一個組識----『曉』，還招慕了九個s級通緝犯，接着，第四代火影發現了一個寫輪眼奇才----『宇智波鼬』，第四代就用賜予力量的理由，教唆他滅族，不過鼬不忍心，留下佐助報仇……』第四代火影未講完，便被卡卡西用『迷心之術』將第四代擊暈……
八．佐助回歸
佐助將被擊敗的哥哥關入大牢，然後問他滅族的原因，因為佐助知大蛇丸以前是曉的一員，以為他有份主使，所以對他恨之入骨，跟住，兜見到佐助的心情，就暴露了自己的身份，就治理好佐助的咒印，聯手殺死了大蛇丸，跟住，佐助和兜殺埋大蛇丸的手下：四妖(禁妖、幻妖、體妖、秘妖)同三鬼(毒鬼、迷鬼、惑鬼)，而兜和佐助兵分兩路，佐助去幫鳴門，兜帶回鼬去木葉村治理傷勢，然後等侯火影重輕發落。佐助去到我愛羅這一層，見他們很不濟，所以去幫手，我愛羅突然呆了一下，佐助用『千鳥三連突』打向『白』，在半空時，已經被『砂縛柩』送佢歸西。然後大家集合，所有人都去問佐助當年離村的原因，然後說出原因……
過了幾年，鳴人和雛田，鹿丸和手鞠，佐助和小櫻，紅和阿依瑪都是一對，綱手讓鼬無罪釋放，做了暗部的隊長，鳴人如他所願當了第六代火影，佐助在木葉村附近創了一條村「根之村」，這條村是輔助木葉村，喻意着「木是無根不能長的」綱手並將賀意風光大葬
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