堆高機控制方式可分為兩部分

控制的方式會影響堆高機的作業效率、機動性及安全性。一般控制方式可分為兩部分：
a、驅動控制：車體前進、後退及剎車的控制；牙叉上升、下降的控制。
電動堆高機的驅動控制可分為兩種型式，一種是機械式，由步進阻抗控制。另一種是電子式，由矽控整流器控制(SCR)。步進阻抗控制是以機械的連桿，經由踩油門踏板來傳動以控制電阻，只有較便宜的堆高機或較少使用的場合會使用機械式。
利用電子SCR方式來做行走及舉升的控制，電動堆高機幾乎已完全取代機械式的控制方式。用SCR的控制非常平順，具低轉速高扭力的特性，耗電量又小，因此可使作業時間加長。
b、導引控制：應用在超窄道式的移動自動導引。
導引控制的應用，可使操作者在存取信道中，前進後退時，堆高機出租不必注意堆高機方向是否偏斜。一般導引控制可分為機械式及電子式自動導引系統。台車機械式的系統是在料架信道兩邊的地板上架有導軌。倉儲架而在堆高機的兩側則裝有導引滾輪。在信道內行走時，滾輪與導軌直接接觸以導引車輛前進。
一般信道長度較短時，使用機械式方式較為經濟，且較易安裝及維護。拖板車如信道長度較長或堆高機數量較多時，使用導線式電子導引系統會較經濟。此系統是在信道內，挖一個淺溝，埋入導線並覆上樹脂的接著劑，以保持地板的平整。
導線會由一驅動單元作動發出低頻的信號，由堆高機上的感應器接收貨架，並譯碼此信號，以控制堆高機的行走方向。大部份的系統使用兩個感應器接收單元，分別在堆高機的前後兩端，以控制前進後退，動作較確實，另有隻單一感應器，只能做單方向的導引，較不實用。
導線式導引系統很容易做路線變更，只需重新鋸開一線槽，埋入導線即可。物料架此系統也應用到工廠的其它區域做車輛的自動導引。導線式導引系統的最大好處就是可讓操作員集中註意力於存取及揀取的作業，而不必花精神在方向的控制上，而且很安全，多有連鎖功能(Interlock)，以隨時停止堆高機。在選擇導引系統，除了堆高機數量及信道長度的因素外，尚需考慮堆高機及接受器，驅動裝置的成本。