進化論，或稱演化論
演化論
演化論，是用來解釋生物在世代與世代之間具有變異現象的一套理論。從古希臘時期直到19世紀的這段時間，曾經出現一些零星的思想，認為一個物種可能是從其他物種演變而來，而不是從地球誕生以來就是今日的樣貌。而當今演化學絕大部分以查爾斯·達爾文的演化論為主軸，已為當代生物學的核心思想之一。
達爾文主義
當今演化學絕大部分以查爾斯·達爾文的演化論為主軸，已為當代生物學的核心思想之一。達爾文的演化論以天擇說和地擇說為理論基石。達爾文晚年將演化論加入性擇，有別於天擇，以強調交配競爭對於演化的重要性。天擇指生物的遺傳特徵在自然環境的限制下，物種在生存競爭中，若某種特徵性狀具有優勢或劣勢，劣勢者不利於生存而被環境淘汰，優勢者得以繁殖而將優勢性狀遺傳後代。這就是所謂「物競天擇，適者生存」。地擇說則說明了同一物種受到地形障礙分隔，比如地殼大陸移動或海洋隔開的島嶼，在夠長時間之後，物種產生了性狀特徵的差異，比如亞洲象和非洲象。
以天擇的定義來說，一般中文大眾經常將演化等同於進化，其實是錯誤的，因為性狀特徵的優勢或劣勢取決於地球當時期的客觀環境，比如冰河時期的生物的厚毛皮和高體脂肪可能利於生存，但一旦到了冰期氣候轉溫的時候，這些性狀可能不利於調節體溫。因此漫長時間演化，並非朝進步的方向演進，而是決定哪種性狀特徵是環境的「適者」。
達爾文演化論提出的當時，很可惜的是，孟德爾的遺傳學發現並未受到世人注意。因此達爾文演化論的實質基礎，並沒有遺傳科學做為支持，僅為生物現象觀察的總結。1930年代，部份科學家將達爾文的演化論與孟德爾遺傳學合而為一，即現代綜合理論，成為當代生物演化學的完整理論。隨着分子生物學的發展，演化學的內涵，從原先對「性狀特徵」的天擇，推展為「基因」的天擇。當代演化學和生物分類學，諸多物種之間的同源關係，用演化樹來表示，其鑑定方式皆採取DNA定序結合統計學來建構。物種間的演化樹建立為電腦資料庫之後，對於其他學科甚有幫助，比如，在蛋白質體學中用以分析蛋白質之間的關係，或是利用已確知結構之物種的蛋白質，來協助建立另一物種之蛋白質結構。
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