特區政府6月11日早上舉行由特首領導的流感大流行督導委員會，會後特首正式公佈，全港小學、幼稚園、幼兒中心及特殊學校，由6月12日起停課14天至6月25日。原因是香港於6月11日確診其中11宗人類豬流感感染個案，患者全是銅鑼灣聖保祿學校學生，令銅鑼灣聖保祿學校學生感染豬流感人數合共12人。由於直至現時還未找到病毒感染源頭，全部學生都無外遊記錄，因此已確定香港已出現本地豬流感集體感染及社區爆發，為免疫情進一步擴大，以減低病毒散播速度而所出停課決定，惟全港中學未有停課需要。

特首曾蔭權表示，聖保祿學校合共有12名學生確診人類豬流感，由於找不到病毒感染源頭，因此確定為本地集體感染，豬流感在香港已開始出現社區爆發情況，為免疫情於社區迅速擴散，才作出小學幼稚園停課決定，若不停課，疫情會蔓延，學生之間受感染機會會增加，根據外國經驗證明，停課能夠減少疫情社區大爆發機會。他續說，醫院管理局6月13日開始會開放流感診所，有需要更會擴展至全港18區各區一間，以應付一旦社區大爆發有足夠措施應付，而各流感診所已準備就緒。另一方面，特首表示無可避免本港會出現社區爆發，不過有賴市民及政府共同努力，已經成功延遲本地社區爆發的時間，他再次呼籲市民不要恐慌及提醒市民要加強社區及個人衞生。

特首公佈小學幼稚園停課後，教育局局長孫明揚 公佈停課措施及安排。孫明揚表示會繼續與衛生當局聯系，在6月23日或之前會決定是否如期復課。假若6月23日之後教育局宣佈繼續停課，直至7月10日前也未能復課，全港小學幼稚園學生便會提早放暑假。他宣佈原定6月17-18日舉行的全港性系統評估(TSA)將會取消，不再另訂日期補考。而孫明揚相信大部分學校已經完成所有校內考試，但少部分學校未完成，教育局會同業界代表接觸商討，若能如期復課，學校校方會另訂補考日期補考校內期終試。不過若7月10日之前都未能復課，未完成的考試會取消，校方會根據學生上學期考試分數再作出評核。不過，由於小五呈分試需呈分教育局以作升中派位之用，對小五學生來說是非常重要，因此即使未完成考試的小五學生在7月10日前未能復課，都需要補考，教育局會安排改在七至九月期間進行補考。