哈利波特(丹尼爾域基夫飾演)在炎熱的暑假中等候第五年魔法學校的生活，他不單要忍待表親德思禮一家令人討厭的麻瓜，更慘的是他的好友榮恩(魯拔格連特飾）和妙麗（愛瑪華生飾演）竟然連一封來信也沒有。當他終於收到來信，卻是說他將被逐出霍格華茲。

哈利波特在魔法部夫子部長(羅拔哈迪飾演)主審的聆訊中嘗試為自己辯護，但原來夫子部長開除哈利波特背後另有原因。無論如何，多得霍格華茲校長鄧不利多(米高甘邦飾演)的幫助，哈利波特最終成功洗脫罪名。不過他回到霍格華茲，他的遭遇卻是前所未有地令他沮喪。因為魔法世界中許多人都被誤導以為哈利波特早前跟佛地魔的決戰只是個大話。連一向對他照顧有加的鄧不利多校長，也突然變得對他冷淡無情。

為了密切監視鄧不利多校長和哈利波特的一舉一動，夫子部長委派了他的心腹桃樂絲恩不里居教授(艾美黛史當頓飾演)出任黑魔法防禦術的老師。然而，恩不里居教授卻沒教學生們多少實際的黑魔法防禦術，於是哈利波特、榮恩和妙麗便聯手組成一個名為「鄧不利多的軍隊」的組織，教授同學們一些真正的護身法術，為即將來臨的正邪對決做好準備。

受到外太空輻射而各自擁有不同超能力的「神奇4俠」─「神奇先生」（艾恩古福特飾）、「隱形女俠」（謝茜嘉艾芭飾）、「霹靂火」（基斯伊雲斯飾）及「石頭人」（米高哲基斯飾）遇上最嚴峻的考驗！他們要阻止星球毀滅者卡勒提斯派遣的魔幻使者「銀魔」（羅倫斯費斯賓納聲演），對地球進行惡意毀滅。與此同時，「神奇4俠」還要對付捲土重來的「末日博士」（祖利安麥馬漢飾）。

在隊長「神奇先生」與「隱形女俠」準備結為夫婦之際，「銀魔」在上空迅雷飛過。「霹靂火」隨即衝天追蹤，揭發了這位不速之客的身分。來自外太空的「銀魔」以吸取宇宙能量作為能源，更擅於溶入各種物體及任意自由變形，他誓要於「神奇4俠」惡戰到底。四俠如何運轉神奇超能力，搶救全世界？