智慧局表示，專利法修正草案與動、植物專利直接相關條文只有七條且已經參考各國規定，配套明定動、植物專利的權利耗盡、個人非營利使用免責、育種家研究免責、農民留種自用免責、強制授權及交互授權等規定，盡可能降低對國內種苗業者和農民的衝擊。但是各界既然仍有不同意見，將請農委會衡酌國內產業現況及開放動植物專利可能造成的衝擊，重行評估現階段是否繼續推動開放動植物專利。

針對各界表達的不同意見，智慧局指出，反對植物專利者認為，現在徵信社植物發明已可用品種權保護，而且可能造成跨國大公司利用專利權壟斷優良的植物性狀，阻礙國內中小型種苗公司開發新品種進行販賣，且農民留種自用不能擴大到委託育苗中心培育種苗，與台灣水稻生產現況不符。而支持植物專利者則認為，有許多國家是採取品種權和專利權兩者併行保護植物發明，兩者並不衝突，開放植物專利可以提供企業多一個選擇。

另外，參照專利法修正草案第２４條規定，人類或動物的診斷、治療或外科手術方法及妨害公共秩序或善良風俗，不予發明專利。也就是說，開放動、植物為准予發明專利的標的。又該草案第６３條規定，發明專利權人所製造或經其同意製造的專利植物繁殖材料販賣後，其專利權效力不及於農民為繁殖目的留種自用的行為且植物應以依植物品種及種苗法第２６條第２項規定公告的植物物種為限。

此外，有關品種權的申請，參照植物品種及種苗法第１２條第１項規定，只要具備新穎性、可區別性、一致性、穩定性及一適當品種名稱的品種，就可以申請品種權。且申請品種權，依同法第１４條第１項規定，應填具申請書，並檢具品種說明書及有關證明文件，向中央主管機關提出。品種權申請案，依該法第１６條規定，以齊備申請書、品種說明書及有關證明文件日為申請日。若因應備書件不全、記載不完備，只要在中央主管機關限制的期限內補正，即以補正日為申請日。