針對公司聘僱的外籍勞工的薪資應依照哪一種扣繳率扣繳的問題，財政部高雄市國稅局一日表示，外勞薪資每月給付總額在基本工資一點五倍以下，扣繳率應為百分之六，如果誤以為是在國內有住所並經常居住國內或沒有住所而一課稅年度內在國內居留合計滿一百八十三天的居住者，而依扣繳率百分之五扣繳，造成短扣百分之一的扣繳稅額，即違反所得稅法第８８條第１項第２款規定。

國稅局表示，各類所得扣繳率標準第３條第１項第２款規定，每月給付總額在基本工資一點五倍以下，扣繳率為百分之六；超過基本工資一點五倍，全數按扣繳率百分之十八扣繳。所以公司給付外籍勞工的薪資，沒有超過一百年度基本工資的一點五倍，應按徵信社百分之六扣繳稅款。另參照財政部９８年１０月９日台財稅字第０９８０４０８０３００號函，非國內居住者的薪資因離（職）境而提前給付等原因，造成發生跨月給付，提前或延後給付薪資，可以併入原應給付日所屬月份薪資計算應扣繳稅額。

國稅局表示，九十九年十二月二十二日修正的各類所得扣繳率標準第２條第１項第２款規定，居住者若屬非按薪資所得扣繳稅額表扣繳或有非每月給付的薪資及兼職所得，扣繳率已由百分之六下降為百分之五。而居住者是指在中華民國境內有住所並經常居住中華民國境內者或無住所而一課稅年度內在中華民國境內居留合計滿一百八十三天。但是發現有扣繳義務人對薪資未達基本工資一點五倍的外勞薪資，誤以居住者而以扣繳率百分之五扣繳，造成短扣百分之一扣繳稅額，違反所得稅法第８８條第１項第２款規定。

另外，參照最高行政法院９８年度判字第３６６號判決，所得稅法第１１４條第１款規定所謂未於限期內補繳應扣未扣或短扣的稅款，其中所指期限，應以該款前段所指限期責令補繳處分的限期為準，與其補繳稅款在行政救濟程序中，因有利於扣繳義務人的救濟結果出現，造成稽徵機關須遵照訴願決定或裁判內容，重新檢附繳款書的程序性處理，分屬二事。也就是說，扣繳義務人既仍有補報補繳義務，原處分限期補報補繳效力並不因行政救濟而改變或停止。重新檢附繳款書並另定繳款期限，並不會變更扣繳義務人於第一次受限期補繳補報而未補繳補報事實。