本機械人工程學博士光明寺博士，接受了黑暗軍團首領基路的支助作研究。但為了阻止邪惡的基路教授，光明寺博士暗中製造了一個機械人，能擁有辨別善惡之「良心回路」的機械人，可惜良心回路未完成.光明寺博士就失蹤了。電腦奇俠未變身前是一個背著結他，穿著牛仔衫褲青年(次郎)；基路博士一吹魔笛，次郎「良心回路」受到衝擊，做出身不由已事情。故事尾段，強敵電腦黑魔(3郎)登場，黑魔腦部竟然由光明寺博士移植。