控制結垢有緩解、消除結垢和除垢2種方法，前三久太陽能熱水器三久太陽能者是通過對液體的預處理消除結垢，後者是對已經產生的結垢進行消除。

普通的除垢方法分化學方法和物理方法。化學除垢處理是采用化學劑使太陽能熱水器系統中的真空管、管道和其他設備中的水垢溶解、疏松、脫落，具體的方法有堿洗、酸洗太陽能熱水器、絡合劑清洗、離子交換劑軟化等。

化熱泵熱水器學除垢處理的藥劑費用較高，而且，如果除垢處理不當會使設備和管道產生腐蝕，影響設備的使用森林太陽能壽命。另外，化學除垢劑用過後要進行處理，否則造成環境污染。

物理除垢方法有高壓水衝洗、膠球清洗、沙衝洗、氣衝洗、超聲波清洗等，這些物理方法都不適合太陽能熱水系統的除垢。因為物理除垢通常要中斷系統運行，拆除部分管道和設備，費工費時，有時會損壞管道和設備。