電子顯微鏡按結構和用途可分為透射式電子放大鏡顯微鏡、掃描式電子顯微鏡、反射式電子顯微鏡和發射式電子顯微鏡等。

透射式電子顯微鏡常用於觀察那些用普通顯微鏡所不能分辨的細微物質結構；掃描式電子顯微鏡顯微鏡主要用於觀察固體表面的形貌，望遠鏡也能與X射線衍射儀或電子能譜儀相結合，構成電子微探針，用於物質成分分析；發射式電子顯微鏡用於自天文望遠鏡發射電子表金相顯微鏡面的研究。

數碼顯微鏡是將精銳的光學顯微鏡技術、先進的光電轉換技術、液晶屏幕技術完美地結合在一起而開發研制成功的一項高科技產品。從而，我們可以對微觀領域的研究從傳統的普通的雙眼觀察到通過顯示器上再現，從而提高了工作效率。

數碼顯微鏡根據數據顯示方式不同可分為兩大類：自帶屏幕數碼顯微鏡和采用計算機顯示的數碼顯微鏡。

自帶屏幕數碼顯微鏡，又可分為三類，1。台式數碼顯微鏡；2。便攜式數碼顯微鏡；3。無線數碼顯微鏡；台式數碼顯微鏡的主要特點是放大倍率相對較高，可以與電子顯微鏡媲美；便攜式數碼顯微鏡追求的是隨處可顯微，講究小巧。


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