持鏡時必須是右手握臂、左手托座的放大鏡姿勢，不可單手提取，以免零件脫落或碰撞到其它地方。
輕拿輕放，不可把顯微鏡放置在實驗台的邊緣，應放在距邊緣10cm處，以免碰翻落地。
保持顯微鏡的清潔，光學和照明部分只能用擦鏡紙擦金相顯微鏡拭，切忌口吹手抹或用布擦，機械部分用布擦拭。
水滴、酒精或其它藥品切勿接觸鏡頭和鏡台，如果沾汙應立即用擦鏡紙擦淨。
放置玻片標本時要對准通光孔中央，且天文望遠鏡不能反放玻片，防止壓壞玻片或碰壞物鏡。
要養成兩眼同時睜開觀察的習慣，以左眼觀察視野，右眼用以繪圖。
不要隨意取下目鏡，以防止塵土落入物鏡，也不要任意拆卸各種零件，以防損壞。
使用完畢後，必須複原才能放回鏡箱內，其步驟是：取下標本片，轉動旋轉器使鏡頭離開通光孔，下降鏡台，平放反光鏡，下降集光器(但不要接觸反光鏡)、關閉 光圈，推片器回位，蓋上綢布和外罩，放回實驗台櫃內。最後填寫使用登記表。(注：反光鏡通常應垂直放，但有時因集光器沒提至應有高度，鏡台下降時會碰壞光 圈，所以這裏改爲望遠鏡平放)
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