故事發生的舞台，位於東京的架空市區，臨太平洋的100萬人口規模的地方都市。擁有建於海上的大型機場，參照了北海道與九州的風土作為其原型。主角就讀的學校藤美學園就位於該市內。
死體（奴ら）
死體的日文直譯為“它們”，在本作中因為倖存的人們，不知如何稱呼所以直接以“它們”稱之，而在台灣角川書店出版的中文版翻譯為死體。死體如同喪屍，會襲擊人，吃人。被咬到的人即使經過急救，也會在短時間內死亡，並成為“它們”的一份子，喪屍化後力量會增大至足以破壞一般門扉，沒有痛覺，頭部沒有遭到破壞就不會停止行動，行動遲緩，雖然失去了視力，卻對聲音極度敏感，因此逃離“它們” 也決非一件易事，因為已經死亡了，所以其肉體也會開始腐敗，雖然主人公們已有這方面的討論，不過作中尚未針對這方面特別作描寫。目前仍然不知道死體是從何處開始出現。不過所有物種中死體只會攻擊人類而不會襲擊其他動物。死體化即為由人類變為死體時的名詞。當人類被死體所咬後，其病毒便會完全侵入體內，如果此時已死，便會立刻轉化為死體。當如果被咬後尚未死去，便會在大約30分鐘至1小時不等成為死體。目前沒有方法阻止死體化。學園默示錄漫畫,學園默示錄第二季

動畫第1∼6話官方截圖(18張)

“死體”即使肉體受到損傷也無礙其行動，只要肌肉還能牽引骨頭，就會一直活動下去，因此即使全身被火焰燒灼，只要物理上的運動機能還存在，仍會繼續行動。死體已不具有任何理智，內臟幾乎全部腐爛，其大腦已被骨髓取代，也就是說腦袋成了它脆弱的部分，也就是說不將腦袋破壞掉，它是不會死的。本作中的“死體”只對聲音有所反映。 （從小室孝的實驗可以看出“死體”沒有視覺和痛覺，但是否具有嗅覺等還是未知數。）
但是，在動畫第三話與漫畫第三話中，曾出現過“死體”被火焰燒灼走動一定距離後就倒地，雖然不確認其是否死亡，但是我們應該知道當正常人類全身大面積被火焰燒灼時一般都是因為窒息而死，因為火焰燃燒消耗周圍的氧氣，又將人類的呼吸器口鼻與氧氣隔離導致最後無法呼吸而窒息而死，我們有理由推斷“死體”仍是需要氧氣生存的生物，並且可以進一步確認“死體”是“活著”的生物，所以“死體”並不一定內臟等器官已經全部腐爛，它們需要氧氣還可以發出聲音這證明它們的肺部仍舊是活性組織。也就是說如第三話中高城同學所說，會不會腐爛還不一定呢。
是生物就存在著自律進化的可能，也許它們的內部某些部分已經腐爛，而且從不管是漫畫還是動畫中來看，“死體”喪屍部分器官依舊可以存活。這可以理解成兩種解釋。
一、漫畫第一話中導緻小室孝的學校災變的元首那個在門口的“死體”在撞擊門時小腸掉了出來。這說明“死體” 有可能像普通人類一樣丟失部分消化器官後仍可以存活，類似於患有消化系統癌變後需切除的患者一樣，切除丟失少部分後依舊可以存活，然而在相對較長的時間後會因為消化功能欠缺而死亡一樣。此結論證明死體有可能不需要正常人類的消化器官來消化食物或者短期內不需要部分功能對食物進行消化，而後死亡。這樣就出現類似與靜香老師所期盼的都腐爛後死亡而消失的情景。
二、接上一項進行推測，生物的自律進化有一個特別的功能就是針對環境的改變對自身進行改變，“死體”雖然少了部分消化器官，但是在自律進化過程中對部分消化器官進行“放棄”，並且也可以推測它們也可以根據環境選擇讓其它種類器官進行“放棄”。這樣既減少了身體總體消耗值又提升了自身的存活機率。學園默示錄漫畫,學園默示錄第二季
所以，“死體”雖然已經腐爛，但是並不一定會對其的生存造成過大影響。還期待作品對“死體”進行更深一步的描寫，至少讓其的存在有比較體面的解釋。