在1800年代以前，透鏡制造家一直不能夠制造不將望遠鏡光線分為組成色彩的透鏡。這個叫做色彩錯亂或色線收差(chromatic aberration)的現像，總是造成有色的模糊物像。如果將某種色彩置於焦點，其他色彩就不清楚。

西元十七世紀，顯微鏡荷蘭人魯文霍克苜先放大鏡利用顯微鏡發現細菌，從此人們才了解，釵h疾病是由這些微生物所引發。他用的顯微鏡很原始，由一片透鏡來放大觀察。

一位名叫"Chester More Hall"的英國代書，早在1700年代就為望遠鏡做出了矯正的透鏡，直到1830年代才做出來一種經過度矯正的顯微鏡透鏡叫做"消差透鏡"。

1886年，在德國吉納跟卡天文望遠鏡爾。蔡斯(Carl Zeiss)一起工作的恩斯特。艾比(Ernst Abbe)，做出了名為"高度消金相顯微鏡差透鏡"，矯正了色彩和球面的像差的缺點。

1800年代末期，顯微鏡就開始了現代顯微鏡的樣子了。

1893年"August Kohler"提出了他所設計的照明裝置，到現今仍被采用。

1930年電子顯微鏡發明了。它不用透鏡折光來放大，而用電子來掃瞄觀察物，再將放大的特像呈現在螢光幕上。由於放大倍率高達二百萬倍，能精確的顯現物體最纖細的局部，因此連最小的病原體---濾過性病毒也逃不過。

1935年"Frita Zernike"發明了相位對比技術，使得原來無法用顯微鏡看清的標本變得可以看清楚了。