1。顯微鏡放置注意應以雙手拿取，一手天文望遠鏡握住鏡臂，另一手托住底座以避免震蕩。

2。將電源插上開啟電源並檢查燈源是否亮起。

3。檢查接目鏡及接物鏡是否髒污，如有則顯微鏡以拭鏡紙擦拭。

4。將載玻片放置於載物台上並夾好，以粗細調節輪調至適當位置。

5。如需以雙眼同放大鏡時觀測則調整雙眼距離與接目鏡焦距，如有近視；眼鏡戴著或取下皆可。

6。接物鏡主要包括4X、10X、40X及100XOIL等，使用原則為由低倍至高倍，若觀察組織切片時，可先用4X（乘上接目鏡10倍即可放大40倍）的接物鏡，調整粗調節輪到切片影像出現，此時亦可調節光源大小，然後再將接物鏡調至10X（放大100倍），再以細調節輪調至影像清晰為止。

7。在鏡台圓孔正下方有聚光器（condenser），用以聚集及調節光線，而附於聚光器的下方有葉片圈，可借其調節杆來調節光圈開啟的大小，配合光源的量，可決定透過聚光器而打在玻片背面的光強弱；過亮時常因缺乏明暗對比而使標本模糊望遠鏡不清，此時可將葉片光圈關小，以利於檢視。

8。若欲使用100X物鏡（放大1000倍）時，需先將接物鏡轉移，滴一小滴油在蓋玻片上，以鏡油(最接近玻璃折射率以免光線射散)為中間介質，可使觀察更清晰），再小心的將物鏡旋轉輕輕接觸到蓋玻片上。鏡頭與蓋玻片距離很近，調整焦距時，須特別注意金相顯微鏡避免鏡頭觸及蓋玻片，以免造成玻片破裂。

9。使用油鏡（放大1000倍）時，先用細調焦輪將載物台推高至蓋玻片與接物鏡輕輕接觸，再以細調節輪慢慢使載物台下降，往下調焦找尋焦距，若物鏡與鏡油與蓋玻片分離，則應重覆第9步驟重新開始。

10。油鏡使用後，須以沾有95%或99。5%的酒精沾拭鏡紙擦拭數次後，再以干淨的拭鏡紙重復擦拭。

11。顯微鏡使用後將鏡台降到最低，關掉燈源，纏好電線，套上防塵套。