兩件事先後發生，可能有因果關係。一塊磚砸腦袋，頭被砸破。因在先，果在後。那末，雞叫和天亮是不是因果關係呢？肯定不是！因為雞不叫，天一樣會亮。

如果有人說：“因為天亮，雞才叫。天亮是因，雞叫才是果。”這又與雞叫先於天亮不符。這裡就要研究為什麼天亮前公雞會叫？這涉及一門新興的科學生物鐘。

公雞成熟後會打鳴。這是先天性的，因為它具有生物鐘。生物鐘存在於絕大多數生物體，例如：含羞草葉子早開夜合、黑脈金斑蝶每年南遷、老鼠的夜間活動等。甚至原核生物類的光合細菌及真核生物類的粗糙鏈孢黴也是生物鐘的研究模式生物。

人類的生物鐘基因是PER2，而生物鐘定位於下丘腦的“視交叉上核”。這是一簇管理生物行為節律性的神經細胞。科學家的研究，繪出了哺乳動物生物鐘的調控系統：

光→視網膜→視交叉上核→神經-體液調節輸出中樞神經系統→外周節律松果體→褪黑激素
哺乳動物眼球中的神經節細胞負責生物晝夜節律的感光。鳥類、爬行動物、兩棲動物、魚類中，生物鐘的感光細胞分佈於身體多個部位，即使摘除眼球，仍有節律性行為。哺乳動物摘除眼球後，不但變盲，而且喪失晝夜節律。

視網膜接受光刺激後，信號經過“視網膜-下丘腦神經束”傳導到視交叉上核，經過生物鐘基因反饋作用調節松果體分泌褪黑激素的水平。褪黑激素的水平還可反過來抑制視交叉上核的電生理代謝活動。

生物鐘是先天性的，但是生物鐘節律是可以改變的：1。破壞小鼠的視交叉上核，它的發情週期、運動、飲食的節律都消失。 2。時差適應：人在長途飛行後，按目的地時間調整光照和作息規律，生物鐘會重新設置。因為地球自轉方向，從東向西飛行後生物鐘每天可調整約92分鐘；而從西向東飛行後生物鐘每天可調整約57分鐘。 3。改變光照規律，使生物改變節律。例如：改變光照規律，可以使曇花白天開放；養雞場改變光照規律，可以使母雞一天下兩個蛋等等。

假如把一隻公雞放在密閉室內，改變光照規律，它就會重新調整打鳴時間。所以，“天亮”是因，“雞叫”的時間是受“天亮”的影響而決定的。所以，因果關係必須研究其中的規律，不是誰前誰後的簡單之事。

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