(1)物理過濾：它是利用機械辦法將水中化學濾網較大的顆粒隔出掉。如：剩余的飼料顆粒、死亡魚只的無塵室設備屍骨、魚體的排泄物、分泌物、嘔吐物、體表粘液等，一般多使用海綿、噴膠棉、細網目的尼龍網、棕櫚葉纖維等，通常是設置在過濾系統的初始端，便於清洗。
(2)生物過濾：培養有益菌菌，通空調規劃設計過細菌分解有害元素，如：氨鹽、亞硝酸鹽、硝酸鹽、磷酸鹽等等。常用的濾料有：生化球、陶瓷環、玻璃環、珊瑚砂等等(最主要的過濾方式，維持生態系統)。
(3)化學過不織布濾網濾：它是利用化學制劑除去水的雜質的辦法，所使用的制劑有水質安袋型濾網定劑、絮凝劑、除臭抗菌濾網除藻劑、蛋白質分解劑、除臭劑等等。
(4)吸附過濾：它是木材、煤炭、果殼、動物骨等含碳量極高的物質能吸附海水中的蛋白質、微量元素、脫色、除異味，連臭氧的分子也能被它吸收。魚兒的尿液，水中的微藻以及藥物也都能被它吸附掉。
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