MATRIX的歷史
20世紀的九十年代（199x年），是電腦及其相關技術的大發展的年代，這一切為了後來的更高層次的飛躍做了有力的鋪墊。
21世紀（20xx年），人類終於發明了AI（人工智能），並且大量制造機器人。人類從勞作的辛苦中解脫了出來，機器人成為了工作的奴隸，成為了人類的奴僕，人類開始盡情享受生活。但是，不滿的情緒在機器人中滋生著。機器人是作為人類的工具和財產的，因此人類可以隨意處置自己的工具和財產。於是，當一個叫B166ER的機器人就要被自己的主人報廢時，它對主人發動了攻擊，並殺死了自己的主人，原因是它不想死。雖然，對於這個機器人的審判有著爭議性，但是美國及世界各國的領導人還是迅速下令銷毀B166ER及其同類機器人。這樣爆發了消滅機器人和機器人的暴動，並且發生了百萬機器人大游行的事件。
機器人和同情他們的人盡可能的反對和抵抗，可惜並沒有取得成功，摧毀機器人的行動還在繼續。大量的機器人被銷毀。被從人類社會驅逐出來的機器人，它們來到人類四大文明的發源地之一的中東開始建設屬於自己的家園，這個城市叫作01（機器城）。機器人在那裡創造了更好的AI，並且AI已經滲透到了人類社會生活的各方面。
這時，機器人的機器城發展的欣欣向榮，而此時人類國家卻開始遭受經濟危機的打擊，經濟一蹶不振。機器人伸出和平之手，想和人類共同擁有世界、謀求發展，但是人類拒絕合作，人類寧可全世界陷入混亂，也不願意承認機器人的世界，並且繼續剿殺機器人。同時，對機器人的01城事實經濟孤立和軍事封鎖。
機器人再次向人類提出和平的建議，並希望和人類建立穩固和平的關系。人類否決了這一提議。人類對01發動了進攻，整個機器城陷入了人類強大的炮火和核彈爆炸之中。可是，機器人對於核武器所產生的輻射和衝擊波毫無畏懼。人類進攻結束後，01機器城就在各方面發動了反攻。面對機器人的進攻，人類的領土一點點的失去。
面對節節敗退，人類決定開始一場同歸於盡的戰役：摧毀天空。於是“Black Storm” (黑色風暴)行動開始了。之所以發動這場戰役，因為當時的機器人使用的都是太陽能，摧毀了天空，機器人就失去了能源，人類也就可以不戰而勝。 在戰役的初期，人類取得了大範圍的勝利。但是，機器人很快找到了替代能源，並進行成功的反擊。整個人類的用他們的血肉之軀對抗鋼鐵鑄成的機器人，結果傷亡慘重。
機器人從被驅逐者成為了征服者。機器人發現人類體內產生的生物能是非常不錯的能源，因此使用人類作為它們的能量來源。這樣人和機器的新關系形成了，機器不將人類趕盡殺絕，而人類則必須作為機器的能源。機器人擁有人類的肉體，同時機器人提供一個美好的精神世界給人類。
這一切結束年代應該在21世紀中期。
戰爭結束了，電腦提供給人類的精神一個完美的世界，這是一個人類夢寐以求的完美世界。這就是第一個Matrix。但是完美的世界並不被人類接受，這個世界失敗了，所有的人類都脫離了這個世界。
於是，機器人提供了第二個Matrix，這個世界基於人類的歷史的，更精確反應人類自然天性中的多樣性的世界。但是這個世界也失敗了。
這樣，第三個的Matrix誕生了，就是影片中的Matrix。在這個Matrix裡人們可以做一些簡單的自由的選擇。
不過由於是電腦程序模擬出來的，所以其間還有很多問題，當發現重大問題時Matrix就會被重新編寫和重新建立，現在這個Matrix已經被重新加載過5次。
與Matrix對立的是Zion(錫安)，
戰爭結束後，第一個完美的Matrix裡出現了一個有能力根據自己意願改編Matrix的人。他解救了第一批被當作電池的人，告訴他們事實的真相：“只要Matrix存在一天，人類就永遠不會自由。”以及人類和機器過去的歷史。他帶領解救出來的人們創造了Zion(錫安)。但是人總是會死的。他死了之後，矩陣中的先知曾預言他會回來並且他將會摧毀Matrix，結束戰爭，讓所有人享受自由。
在接下來的一百年裡，人類以靠近地心的錫安為基地與機器人反復周旋。
快到2199年的某年裡，馬克三型二代電磁氣墊船中的一艘尼布加尼撒號(Nebuchadnezzar)的船長Morpheus找到了錫安裡相信先知預言的人們心目中的救世主，但是同時機器城也發動了對錫安的最後戰役。
錫安和Matrix是共生共存，它和Matrix一樣也被毀滅過5次，每次都是由一個指定的人從Matrix中帶領7個男的和16個女的重新建立錫安。
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