時間悖論
很多人都發現了一個問題，就是在錫安和Matrix這兩個世界裡，在時間上發生了不可調和的矛盾。
在錫安中：
21世紀中期後，那個掙脫Matrix的人創造了錫安，他利用機器人的技術制造了電磁氣墊船（電磁氣墊船的技術在Matrix動畫版中的《第二次文藝復興》中有交代，確實是機器人發明的），並且尼布甲尼撒號（馬克三型，編號十一）建於2069年、奧西瑞斯號建於2079年，邏格斯號建於2101年，雷神之錘號（馬克十四型，編號六十二）建於2111年。
快到2199年的某年裡，馬克三型中的一艘尼布加甲撒號的船長莫裴斯找到了錫安中相信先知預言的人們心目中的救世主，於是他們開始了錫安中的人類與機器人的最後的決戰。而墨菲斯他們錫安中的人只知道在第一個矩陣裡那個能夠改變Matrix的人創造了錫安，而這百年來錫安的人們一直都在和機器人作戰。
在Matrix中：
第一個完美的Matrix失敗了，於是有了第二個，第二個失敗了於是有了第三個，Matrix的締造者建築師說Matrix總共重新啟動了五次，而相關的錫安也被毀滅過五次，而每次毀滅後都由救世主從矩陣中帶領7男16女去重建錫安。並且建築師還說矩陣的歷史要比尼奧知道的還要久。
這裡大家也看出來了，在錫安中的人們只知道有一個錫安，就是現在的這個錫安，而且錫安中的時間由2069到2199幾乎都是由記載的。而這個年代又恰好承接到人類與機器人的大戰後的年代。
矩陣裡說錫安毀滅過五次的人是建築師，建築師是矩陣的創造者，甚至也可以說是錫安的創造者（因為他讓錫安得以存在），而且他還是機器城中的機器大帝在矩陣中的化身，那麼他的話又具有相當的可信性。
這裡悖論產生了，用數學推論來論證一下，我們假設錫安的時間為a，假設Matrix的時間為b，假設機器城的時間為c。
命題是，因為錫安是真實的處在地心，而機器城是真實的處在地表，所以a＝c
論證命題： 因為關於Matrix的時間是其締造者建築師說的，而建築師就是機器城的機器大帝，所以b∈c
由錫安和機器城處於同一空間可得：b∈a
但是這裡，因為錫安的時間和Matrix的時間無法吻合，於是就有了b∈a不成立的結論
而因此又會得出a≠c，這樣命題有誤。
可以得出結論，錫安或者機器城必有一方是錯誤的，也就是說有一個時間是不真實的。
對於這個悖論，有人解釋為，錫安每次被毀滅後重新建設，其時間都會被重新設定。
也就是說，錫安確實存在過多次，但是每次被毀滅後其時間又歸於錫安第一次建立時的時間。這個解釋看起來不錯，但是存在一個問題：就是要麼是救世主說了謊沒有告訴錫安的人真實的時間，要麼是機器設定了錫安的時間。第一個假設，救世主用謊言欺騙和蒙蔽著錫安的人民，這樣解釋有點不近人情；那麼後一個解釋顯然比較合理，機器設定了錫安的時間，既然機器能夠設定錫安的時間，那麼為什麼錫安不能是其虛擬出來的又一個空間呢？
這裡的問題讓很多人頭痛，至今在網上的爭辯還沒有結束，而且誰也說服不了誰。這確實是一個很難說清楚的問題。
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