運輸署在2003-04年度路線發展計劃內建議增加一條假日特別線，由小西灣往返北潭涌，據區議會文件，該線原名 395 號線，由城巴取得本路線專營權，正名為 698R，主要方便港島東區居民往來西貢墟及西貢郊區旅遊，於2003年6月15日起投入服務，只於假日上下午提供單向服務。
本線的出現誕生數項紀錄，第一是首批服務西貢郊區的過海隧道巴士線之一（另一條為已取消的九巴路線T6），第二是城巴首條過海假日專利旅遊路線，第三是城巴的專利路線網首次踏足西貢郊區及大埔區（因黃石碼頭位於西貢北，屬大埔區管轄），令到城巴站牌首次在西貢公路、西貢郊區及位於大埔的西貢北出現，第四是本線成為大埔區首條獨營過海隧道路線（但只限於西貢北），第五是首條及唯一一條R字尾的常規過海隧道路線。
初期西貢總站位於北潭涌，由於服務時間有限，加上西貢郊區距離港島東區頗有距離，客量只屬一般。因此，2005年3月25日至4月17日期間試驗延長至黃石碼頭，一週後的4月24日正式延長，雖然未有為客量帶來急升，不過深入了西貢東及西貢北（黃石）的郊野公園，方便前往西貢遠足的郊遊人士不用轉車。
本路線原本由小西灣往北潭涌分站已達63個，兩邊總和更達至124個，原本已是全港過海巴士路線中擁有最多分站的路線，自延長至黃石碼頭，來回程增添十七個分站，兩邊總和增加至141個，打破原本九巴路線53擁有全港最多分站（139個）的紀錄，直至2005年5月7日因九巴路線 53 來回程於分別於青山公路南山游泳會及金麗苑各增設一個車站，2006年2月3日起往荃灣方向於青山公路青龍頭村增設一個車站，令本線的分站數目紀錄再度被打破，2006年11月20日因九巴 53 號線來回程取消雙仙灣巴士站，令本線再度與 53 號線並列全港巴士路線中擁有最多分站的路線，2007年2月2日起九巴53號線往荃灣方向加停青山公路近深慈街分站，一度令本路線最多分站的紀錄二度被打破，但二周後（2月16日）因西貢福民路取消假日部份時間不停西貢警署巴士站之措施，令本路線之巴士站數目再次與九巴53打成平手，直至2008年2月3日起，配合西貢北公共交通交匯處啟用，往黃石碼頭方向繞經該處而不經西貢巴士總站，令沿途分站減少一個，導致本路線之巴士站數目第三度被九巴53打破，2008年6月8日起來回程取消西貢公路南邊圍迴旋處巴士站，令現時本路線巴士站數目只剩下139個，現時仍是過海巴士路線中分站數目最多的。
另外，黃石碼頭巴士總站位處西貢北，是屬於大埔區，在黃石碼頭巴士總站是有大埔區議會的標誌，西貢北列入大埔區是因昔日交通上有緊密聯繫，西貢北居民經常前往大埔作買賣交易，因而跟大埔建立密切關係，至今仍維持不變，但一般市民不會把西貢北當作大埔區。
假日
小西灣(藍灣半島)開 |
假日
黃石碼頭開 |
| 0800, 0830, 0900, 0930 |
1610, 1640, 1710, 1740 |
星期一至六暫停服務
常見車款：90XX
資料來源:681巴士總站
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